Les trypanosomes vivent dans le sang de leurs hôtes et sont principalement transmis par les glossines (mouches tsé-tsé). Les bovins, surtout les zébus, sont particulièrement sensibles, tandis que certaines races taurines (comme le Baoulé ou le N'Dama) présentent une trypanotolérance.
Les Theileria sont des protozoaires intracellulaires obligatoires qui infectent les bovins et d'autres bovidés. Ils provoquent la theilériose, transmise par des tiques.
Les coccidies du genre Eimeria sont fréquentes chez les ruminants, notamment les jeunes. Elles provoquent la coccidiose, une maladie digestive caractérisée par de la diarrhée, parfois sanglante.
Divers autres protozoaires peuvent être présents comme les espèces du genre Babesia (responsables de la babésiose).